Premier cas de Legionella hautement résistante découvert en Belgique grâce à une analyse génétique
Des chercheurs du Labo de Biologie clinique (Microbiologie) de l'UZ Brussel ont découvert pour la première fois en Belgique un cas clinique de Legionella pneumophila (une forme grave de pneumonie) hautement résistante aux antibiotiques macrolides, dont la clarithromycine. Cette découverte, publiée dans l'International Journal of Infectious Diseases, souligne la nécessité de contrôler systématiquement la résistance aux antibiotiques en cas d'infection à Legionella. Legionella pneumophila est une bactérie présente dans les canalisations d'eau et les installations telles que les douches, les climatiseurs et les tours de refroidissement. Elle peut provoquer des pneumonies graves, mais se traite généralement bien avec des antibiotiques. Cependant, le nombre d'infections est en augmentation depuis plusieurs années.
L'étude, qui a examiné tous les échantillons cliniques de Legionella entre 2011 et 2022, montre que le nombre de cas de légionellose en Belgique a doublé sur une période de dix ans. La légionellose est un terme générique désignant les maladies causées par la bactérie Legionella pneumophila. La forme la plus connue et la plus grave est la maladie du légionnaire, une pneumonie grave. Une forme plus bénigne est la fièvre de Pontiac, une sorte de grippe sans pneumonie.
Au total, les génomes de 283 isolats cliniques de Legionella ont été analysés. Pour ce faire, une technique de séquençage haut débit permettant de détecter les variations génétiques avec une résolution permettant de distinguer les clones bactériens a été utilisée.
La souche résistante ST188 identifiée
Chez un patient décédé en 2019, une mutation (A2052G) a été détectée dans le gène 23S rRNA. Cette mutation spécifique provoque une résistance élevée à un certain type d'antibiotiques, les macrolides tels que la clarithromycine, l'azithromycine et l'érythromycine. Cela rend ce traitement classique inefficace, alors que la légionellose se traite généralement bien.
« Cette découverte montre que la Legionella continue d'évoluer génétiquement, y compris d'une manière qui a un impact direct sur l'efficacité de nos traitements. Il est essentiel que nous surveillions désormais systématiquement la résistance aux antibiotiques lors des diagnostics de Legionellose », explique le Dr Charlotte Michel, biologiste clinique et auteure principale de l'étude.
La souche résistante (ST188) présentait des similitudes génétiques avec des souches résistantes précédemment identifiées en France, ce qui peut suggérer une possible propagation plus large en Europe. Le patient belge n'avait toutefois pas récemment voyagé, ce qui témoigne d’une propagation locale.
Besoin d’une analyse de résistance systématique
La Legionella pneumophila est une bactérie présente dans les conduites d'eau et les installations telles que les douches, les climatiseurs et les tours de refroidissement. Ce sont surtout les hommes âgés et les personnes dont le système immunitaire est affaibli qui sont à risque. La bactérie se traite généralement bien avec les antibiotiques tels que les macrolides.
Le nombre d'infections à Legionella augmente depuis des années, y compris en Belgique. Le changement climatique et l'obsolescence des installations d'eau peuvent jouer un rôle à cet égard. En Belgique, chaque infection est signalée à Zorg en Gezondheid (pour la Flandre), Vivalia (pour la Région de Bruxelles-Capitale) ou l’AVIQ (pour la Wallonie). Dans certains cas, des échantillons sont envoyés au Centre national de référence afin de déterminer la source de l'infection.
Il n'existe actuellement aucune méthode standard pour tester cliniquement la résistance aux antibiotiques en cas de Legionella. Grâce à la combinaison d'une culture classique et d'une analyse ADN rapide et avancée, cette mutation a néanmoins pu être détectée. Les auteurs plaident en faveur de l'intégration de la détection de la résistance dans le processus diagnostique standard de la légionellose.
« Même si les cas de Legionella résistante aux antibiotiques sont encore rares, nous ne devons pas ignorer ce signal », déclare le Dr Michel. « Les outils permettant de détecter ces évolutions existent, nous devons maintenant les utiliser. »
Importance de la collaboration entre les institutions
En tant que Centre national de référence pour les infections à Legionella, l'équipe de l'UZ Brussel analyse et identifie les souches de Legionella liées à des épidémies. En collaboration avec Sciensano, qui gère les données épidémiologiques nationales, et le Laboratoire national de référence du LHUB-ULB, les chercheurs se sont désormais concentrés sur le séquençage génomique afin de mieux distinguer les différentes souches de Legionella pneumophila.
Karolien De Prez